NA50-BAHIA/ANASTASIE: Starter

Logon

Vous voulez travailler sous BAHIA/ANASTASIE et vous n'avez pas de logon ?
Contactez le czar informatique de votre collaboration (A. Romana) qui fera une demande aupres de Mr J. Furet au CCIN2P3. En cas de problemes contactez F. Ohlsson-Malek

Premiers pas ...

Vous venez d'avoir votre logon et votre password... et vous vous demandez a quoi vous pouvez avoir acces ...?
Vous avez acces aux machines sous AFS du CCIN2P3 (service DataServe). Avec ce logon vous pouvez travailler sous :

BAHIA : Frontal interactif de preparation de batch et de travail interactif.
ANASTASIE : cluster de machine BATCH pour l'analyse.
SIOUX : Machine de service pour execution de programme interactif tel que PAW (paw_sioux) , emacs (emacs_sioux), ghostview_sioux ...

Toutes les machines concernees utilisent les meme disques sous AFS(/afs/in2p3.fr/.... ). Les seules machines sur lesquelles vous pouvez vous logger directement sont celles de BAHIA.

Pour se connecter sur BAHIA , 2 possibilites :
- telnet ccars.in2p3.fr : frontal BAHIA/ANASTASIE - 2 IBM-RS6000 (ccsp001 et ccsp002).
- telnet ccahp.in2p3.fr : frontal BAHIA/ANASTASIE - 4 HP735 (cchp001, cchp002, cchp003 et cchp004).
Une fois que vous etes loggue , pour changer votre password : tapez kpasswd et repondez aux questions.
Vous travaillez a partir d'un terminal-X , afin de beneficier de tous les avantages d'un tel terminal , il est necessaire d'indiquer son addresse : tapez changedisplay et repondez aux questions. Par exemple, si votre terminal s'appelle "terminal.in2p3.fr" ou s'il a seulement une adresse de type "128.135.26.20", alors vous devez repondre a la question de changedisplay par "terminal.in2p3.fr:0.0" ou "128.135.26.20:0.0". ( cette operation est a faire normalement une fois pour toute).
Si vous ne vous trouvez pas dans votre laboratoire et avec votre terminal habituel, vous pouvez travailler dans votre environnement habituel sur un terminal-X exterieur. Il suffit de lui communiquer le display. Pour cela, il suffit de taper setenv DISPLAY nomduterminal:0.0, nomduterminal etant le nom du terminal-X sur lequel vous avez ouvert votre session de travail.
ATTENTION : afin que BAHIA/SIOUX puissent ouvrir des ecrans sur votre station ou votre terminal-X , il faut que vous lui donniez l'autorisation. Pour cela, utilisez la commande : xhost +node, le node etant cchp001, cchp002, cchp003, cchp004, ccsp001 et ccsp002 pour BAHIA et ccsp003 -> ccsp016 pour SIOUX.

L'environnement de travail

L'editeur : Il en existe plusieurs mais le plus recommande est emacs. Pour s'en servir taper : emacs file-name ou emacs_sioux file-name .
Votre session sous BAHIA est en mode tcsh par defaut. Ce qui en clair veut dire, entre autres, que les lignes de commandes que vous tapez peuvent etre editees comme sur le VAX ( utilisation des fleches pour rappeler la commande par exemple) .
Il existe plusieurs variables d'environnement correspondant entre autres aux principaux directories utilises ainsi :
- $HOME : votre top directory qui correspond a quelque chose de la forme /afs/in2p3.fr/home/<1er lettre de votre User ID>/UserID, exemple: /afs/in2p3.fr/home/f/fmalek ou /afs/in2p3.fr/home/h/harou. Il vous est assigne 50 Mb non negociables. Il est back-upe tous les jours.(Pour les nostalgiques de VM, il correspond au disque 191 A).
- $HOME_BACKUP : Vous permet de vous placer dans le repertoire backup de votre home directory et d'aller recuperer le fichier de la veille.
- $THRONG_DIR : Espace commun a tous les utilisateurs de NA50, il correspond a /afs/in2p3.fr/home/throng/na50 . Actuellement cet espace est de 200 Mb. Tous les programmes "a la dimu" y sont contenus. Il est gere par l'ensemble de tous les utilisateurs de NA50, la place se partage entre tout le monde sans negociations. En cas de problemes d'espace, les utilisateurs doivent faire du nettoyage (par respect aux autres utilisateurs) et ou faire la demande d'augmentation de la place disque au CCIN2P3. Il est back-upe tous les jours. (Correspond aux disques 192 D, 193 B etc... de VM)
- $GROUP_DIR : Espace commun a tous les utilisateurs de NA50, il correspond a /afs/in2p3.fr/group/na50. Actuellement cet espace est de 1 Gb. C'est le czar (A. Romana) qui le gere et attribue une place disque (par exemple 100 Mb) a l'utilisateur demandeur. Il sert essentiellement a entreposer les gros fichiers tels que "ntuples", "binaires" etc... Il n'est pas back-upe. (Correspond aux disques de groupe a la VM).
- le scratch : Par la commande cd /scratch, on se place dans le repertoire SCRATCH qui stoque momentanement les fichiers stages ou vous permet de stoquer momentanement des fichiers.
- ... pour le reste de la liste tapez printenv ou env et la liste de vos variables d'environnement apparaitra !

Vous voulez recuperer des fichiers sur une autre machine : utlisez ftp. Exemple :

ftp
ftp> o frcpn11             ! Pour se connecter sur FRCPN11
ftp> cd fmalek.192         ! Pour Acceder le disque FMALEK 192 
ftp> get MyFile.car        ! recupere sur ANASTASIE le fichier MyFile.car 
ftp> mget *.car            ! recupere sur BAHIA toute les fichiers *.car
...

Question de language .... Pour les habitues de VM

script : On ne dit plus exec mais script.
executable : On ne dit plus .TXT mais executable.
directory : On ne parle plus de disque, mais de repertoire ou directory car votre systeme n'est plus sous "mainframe".

Quelques commandes UNIX de base

echo : Cette commande vous permet de consulter le contenu d'une variable d'environnement. Exemple: echo $DISPLAY vous permet de voir sur quel display vous allez travailler, c'est a dire sur quel terminal-X. Elle vous permet aussi d'imprimer, ce qui permet de faire apparaitre des messages dans vos scripts, exemple: echo 'bonjour'.
cd directory_name : pour changer de directory. Je veux passer par exemple a $THRONG_DIR, je tape cd $THRONG_DIR. Je veux repasser dans mon home directory, je tape cd $HOME.
ls : Liste des fichiers dans le directory courant. ls -l donne plus de details sur les fichiers courants, exemple proprietes (write, read, executable) et ls -a liste les fichiers caches tels que ".login", ".cshrc" etc..... Si je tape par exemple ls -l monfichier.fiche, je vois ceci: -rw-r--r-- 1 fmalek na50 3614 Oct 12 16:51 monfichier.fiche. Ce qui veut dire que mon fichier monfichier.fiche a ete cree le 12 Octobre a 16h 51 et qu'il est pour moi (1er bit) (rw). Les autres bit ne sont pas utilisables sous le systeme AFS.
chmod : La commande chmod permet de changer les proprietes d'un fichier, par exemple pour rendre monfichier.fiche executable, il suffit de taper chmod u+x monfichier.fiche. Les proprietes d'un fichier peuvent etre "r" pour read, "w" pour write et "x" pour executable. On donne les proprietes aux utilisateurs u(user), au groupe g(group) et aux gens exterieurs o(other). chmod u+x veut dire simplement change mode user executable. chmod o+w veut dire change mode other write. Ces commandes UNIX peuvent etre normalemenr utilisees sur des machines UNIX, sauf si le systeme est sur AFS. Si c'est le cas, il n'y a que le bit u(user) qui est pris en compte.
mkdir sub_directory_name : pour creer un sous directory a partir du directory courant.
"command" & : un & apres une commande permet de recuperer la main tout de suite (mode detache) , la commande etant execute en subprocess. exemple : emacs &
ctrl_z suivit de bg permet d'interompre un process (ctrl_z) et de le continuer en background/sub_process (bg)
Pour plus de detail : UNIX pour debutant.

Quelques commandes AFS de base

fs lq : Donne l'information sur le quota de votre disque et son utilisation.
fs listacl : Liste les proprietes de votre fichier ou directory, exemple: "fs listacl public" permet de lister les proprietes du repertoire public.
fs setacl : Permet de changer les proprietes d'un repertoire, exemple: (1) "fs setacl . system:anyuser read" : Permet a n'importe qui de lire votre repertoire courant. (2) "fs setacl public fmalek write" : permet a fmalek d'ecrire dans votre repertoire public. Les proprietes d'un repertoire sont: r(read),l(lookup), i(insert), d(delete), w(write), k(lock).
ATTENTION Les proprietes AFS ne sont pas compatibles avec les proprietes UNIX. Par exemple si vous faites (a la UNIX) un "chmod u+w toto.file", ceci ne marche que si votre repertoire (qui contient toto.file) est "write" sous AFS.

Quelques commandes utiles pour lancer votre job

En interactif : Soit un programme fortran "na50.f". Quelque soit la machine UNIX (RS ou HP), il suffit de taper "hepf77 na50.f" pour compiler le programme. Si tout va bien, un fichier a.out est constitue. Pour executer le programme, il suffit de taper "./a.out ". Ceci n'est recommande qu'en cas de preparation de programme. hepf90 est le compilateur fortran 90.
En Batch : Le programme demande beaucoup de CPU, on l'envoi par batch. Pour cela, on utilise un logiciel cree et developpe au CCIN2P3, appelle "BQS ". Si l'executable et le programme sont presents, il suffit de taper qsub executable (par exemple: qsub na50.exe). L'executable est cense compiler, attacher les librairies et les cartes de donnees, lancer a.out etc.... Pour plus d'informations sur les options de BQS , reportez-vous au manuel interactif (il suffit de taper man bqs) ou au manuel BQS sur cchelp (a la W3). On surveille le job avec les commandes qjob, qjob -e, qjob -a etc... On peut consulter le fichier output d'un job pendant que le job tourne par la commande qcat jobname.

Quelques logiciels interressants

restorefile : Si par malheur vous faites disparaitre votre fichier, la commande restorefile fichier vous permet de recuperer la version de la veille si elle existe.
PAW : Le logiciel paw peut-etre utilise de la meme facon que sur VM, il suffit de taper paw (ou paw_sioux). Pour les detenteurs de terminaux-X, vous pouvez appeler paw++.
ghostview : C'est un logiciel qui permet de visualiser les PostScript si on a un terminal-X. Pour visualiter mon fichier PS "draft.ps", il suffit de taper ghostview draft.ps ( ou ghostview_sioux draft.ps) .
geant interactif : Geant interactif ainsi que geant++ sont aussi disponibles mais necessitent la possession d'un terminal-X.
TeX, LaTeX : TeX ainsi que LaTeX sont disponibles et peuvent etre utilises efficacement avec l'editeur emacs. Pour compiler mon fichier LaTeX par exemple, il suffit de taper latex monfichier.tex . Un fichier monfichier.dvi va etre cree. Pour produire le PS, il suffit de taper dvips monfichier.dvi -o . Tout ceci peut-etre fait directement (interactivement) avec l'editeur emacs, sans sortir de l'edition.
FrameMaker : FrameMaker est un logiciel qui permet de faire du traitement de texte a la Macintosh. Il est tres pratique pour la preparation des transparents avec inclusion de figures et dessin graphique. Pour y acceder, il suffit de taper frame .
REMARQUE !!!! :Ces logiciels peuvent etre utilises aussi bien dans $HOME que dans $THRONG_DIR et $GROUP_DIR.

Quelques notions de librairie

CERNLIB : Vous pouvez acceder a cette librairie en tapant cd $CERN_LIB ou tout simplement cd /cern/pro/lib.
Autres : Vous trouverez aussi les fichiers sources concernant cmz dans $CERN_CMZ. Il existe aussi graflib, mathlib, packlib etc...
Attacher des librairies au programme pour compilation : Si vous avez besoin d'attacher a votre programme des librairies, il suffit de les rajouter a la suite de votre commande de compilation, par exemple: hepf77 monprog.f `cernlib mathlib`. Ceci revient a ecrire hepf77 monprog.f /cern/pro/lib/libmathlib.a /cern/pro/lib/libpacklib-shift.a /usr/local/lib/libshift.a . Si vous souhaitez utiliser les librairies geant et fritiof dans votre programme, il suffit de compiler le programme comme ceci: hepf77 monprog.f `cernlib geant321 fritiof mathlib pawlib graflib`.
A quoi correspond ma librairie ? : On peut verifier ceci en faisant une simulation de compilation. Exemple: hepf77 -n `cernlib mathlib`.
Comment trouver une routine dans une librairie ? : On veut par exemple chercher si la routine hbook est dans la packlib. Il suffit de faire ceci: ar -tv $CERN_LIB/libpacklib.a | grep hbook.

En ce qui concerne DIMU

Rien de plus simple que d'utiliser dimu sous UNIX pour lancer des job en batch. Il suffit de taper dimu help pour tout savoir de dimu, de ses option et des choses essentielles pour debugger etc.... Vous pourrez consulter ce help sur W3 dans la page de travail de NA50 aussi.

L'impression de fichiers des platformes UNIX vers votre imprimante

slpr : Il n'y a rien de plus simple que d'imprimer des fichiers (text, PS etc...) a partir de BAHIA vers votre imprimante locale. Il suffit de connaitre les noms de l'imprimante et de son serveur. Par exemple, mon imprimante s'appelle "imprime" et mon serveur "servir" et je veux imprimer mon fichier dessin.ps. Voici ce que je tape: slpr -S servir -P imprime dessin.ps. Pour connaitre le nom de votre imprimante et de son serveur, addressez-vous a votre service informatique local, gestionnaire de ces machines.
Environnement serveur d'impression : Si vous souhaitez imprimer certains fichiers a partir de votre session "ghostview", il est indispensable de definir dans votre fichier ".login" la variable LPD_SERVER, pour que votre logiciel reconnaisse le serveur d'impression. Il suffit d'editer votre fichier .login et d'y introduire cette phrase: setenv LPD_SERVER nom-serveur_impression.

Il y a beaucoup plus d'informations si vous consultez la page cchelp du CCIN2P3, specialement le man pages .

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