移行

2024年2月現在の状況

• CentOS7
  • ログイン: lxatut03 lxatut04 lxatut05 lxatut06 lxatut07 lxatut09 lxatut23 lxatut24 lxatut25
  • バッチサブミット: lxatutbs3
  • バッチWN: lxatutb049-064, lxatutb400-499
  • GPU: lxatutgpu1, lxatutgpu2, lxatutgpu3
• Alma9
  • ログイン: lxatut1 lxatut10 lxatut11 lxatut12 lxatut13 lxatut14
  • バッチサブミット: lxatutbs1
  • バッチWN: lxatutb100-199, 218, 234, 244, 300-312

他のOS環境を使う方法

Alma9上でCC7のOS環境を使う場合、ATLAS環境を使う場合は setupATLAS -c centos7 とします。

分室の/dataと/eosをコンテナ環境内で使う場合は、 setupATLAS -c centos7 -m /eos:/eos -m /data:/data とします。

ATLAS環境無しでOS環境のみを変えたい場合は、 apptainer exec -e -B /cvmfs:/cvmfs -B /home:/home -B /eos:/eos -B /data:/data -B /afs:/afs /cvmfs/atlas.cern.ch/repo/containers/fs/singularity/x86_64-centos7 /bin/bash とします。

CC7上でAlma 9の環境を使う場合は上記のcentos7をalmalinux9に変えてください。

他のOS環境の解析をバッチで実行する方法

例として、/data/data3/zp//myname/work/dir/にAthenaを用いた解析ソフトウェアがある場合をとります。 解析ソフトウェアはコンテナ内ですでにbuildされているものとします。まだの場合はインタラクティブにコンテナに入ってbuildしてください。

condor_submitに渡すジョブ定義ファイルは

executable = /data/data3/zp//myname/work/dir/run/exec.sh
getenv = True
arguments = ""
output = test.$(ClusterId).$(ProcId).out
error = test.$(ClusterId).$(ProcId).err
log = test.$(ClusterId).$(ProcId).log
queue

のようにexecutableにシェルスクリプトを指定します。

このスクリプト(exec.sh)のなかで、コンテナ環境に入り解析実行するためのスクリプト(run.sh)を呼び出します。

export ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE=/cvmfs/atlas.cern.ch/repo/ATLASLocalRootBase/
export HOME=/data/data3/zp//myname/work/dir/run
source $ATLAS_LOCAL_ROOT_BASE/user/atlasLocalSetup.sh -c centos7 -m /data:/data -r /data/data3/zp//myname/work/dir/run/run.sh

実行スクリプト(run.sh)の中で環境設定のあと、実際の解析スクリプトを実行します。2行目のasetupでbuildの際のAthena環境を読み込んで設定しています。

cd /data/data3/zp//myname/work/dir/build
source $AtlasSetup/scripts/asetup.sh
source /data/data3/zp//myname/work/dir/build/x86_64-centos7-gcc11-opt/setup.sh
cd /data/data3/zp//myname/work/dir/run
/data/data3/zp//myname/work/dir/build/x86_64-centos7-gcc11-opt/bin/ATestRun_eljob.py --submission-dir=test1

run.shとexec.shを実行できるようにする

cd /data/data3/zp//myname/work/dir/run
chmod +x run.sh exec.sh

上記を使ったcondor_submitはコンテナ外(Alma9環境)から実行してください。

ssh lxatutbs1
source ~condor/condor.sh
cd /data/data3/zp//myname/work/dir/run
condor_submit -queue=group_std1 submit.sdf